Дело в том, что диагностический сканер показывает "если уже заболело" и только очень толковый диагност может по косвенным данным найти "там где заболит". Для детальной диагностики нужен мотортестер с подключением к вакуумной и выхлопной системам автомобиля. Ну или действовать методом проб и ошибок, меняя поочередно приборы-агрегаты участвующие в процессе.

В общем примерно понятно. С нашими специалистами в Крыму ничего не найдем, деревня здесь 
Легче наверное движок заменить в сборе )) и не париться. И быстрее и те же деньги.
Так и живем.
А мотортестер нужно еще поискать здесь, наверное украинцы сперли   

Неужели реально такие большие перебои в работе? Может это уже придирки к машине?

Конечно же есть люди, которые не обращают внимание на некоторые мелочи, например на такие и ездят не парятся.
А мне хочется, чтобы все было в идеале, как положено и машинка работала как часики.
Но не подумайте, это не параноя )))

Есть вариант неполадки с передней пневмо-подушкой двигателя, только пока не знаю как ее проверить...

Я даже о подушке такой ничего не знаю, не то что о том как её проверить. На передней опоре крепится вакуумный клапан, но сама опора скорее гидравлическая.

Проверяли переднюю подушку, которая "гидро-пневмо"... показалось, что она больше всего болтается не только на сжатие - растяжку, но вроде по горизонтали.
Заказал новую, жду...

Скажите пожалуйста, может быть проблема в натяжителе ?
У меня такое впечатление, что болтается цепь и из-за этого двигатель не стабильно работает, особенно на холостых
и очень страшно гремит в тот момент, когда падают обороты.

С повышением оборотов двигателя все неполадки пропадают

Конечно может быть и в натяжителе, а так же может быть и в шестерне VVTi - нужно разбирать и смотреть, с грохотом эксплуатировать нельзя.

Так вот грохот он не постоянно проявляется, иногда, чаще при остановке на холостых, как-будто при падении оборотов что-то не справляется в системе, но секунд через 5-8 мотор выпрямляется и работает как положено.   

Я не готов вот так по описанию выдать диагноз. Чтобы что-то сказать нужно как минимум слышать проблему. Похоже нужно обратиться к мотористу.

Не поверите, обошел уже всех более менее сведущих мотористов, никто не знает, что делать и делают такое лицо 
при этом говорят ну не знаю, не знаю. На моей практике такого не было...

Доскочи до Сочи - там есть дилер Тойоты, хоть продиагностируют проблему, а потом можно будет принимать решение по лечению.

Наткнулся на тему в форуме (http://club-lexus.ru/forum/viewtopic.php?t=54399) по муфтам и клапанам VVT-i, в которой описаны схожие перебои с работой двигателя.
Так вот этот симптом так и не дифференцирован, обсуждение ни к чему не пришло.