Нет никакого периода обкатки у коробки, а вот если не провели адаптацию, то тогда возможно, что толчки уйдут. Странные какие-то ремонтники, которые не полностью делают работу - "рессет меммори" обязательная процедура при снятии-установке АКПП с последующим обучением, ибо ЭБУ убирает зазоры только повышая давление - снижать его он не может и если не вернуться к заводским параметрам, то АКПП будет работать с повышенным давлением, что очень отрицательно сказывается на её ресурсе.
К сожалению скрежет по описанию диагностировать очень сложно, практически не возможно - пусть мастеровые по месту и послушают, чего гадать-то?